侯仰軍偏愛于對歷史真實的探究。他在前人研究的基礎上，借鑒近年不斷涌現(xiàn)出的考古成果，擲地有聲地提出堯舜故里就在山東菏澤的觀點。大禹“三過家門而不入”的故事盡人皆知，可大禹治水的真相是什么？侯仰軍認為：“所謂大禹治水不過是把濟、濮流域的積水排泄出去而已。而要疏導積水，唯一的辦法就是開挖溝洫，所以后來孔子論大禹的功績，說大禹‘盡力乎溝洫’。由于大禹治水卓有成效，加上人類有一種對自己崇拜的人或事喜歡加以拔高的本性，代代相傳，越拔越高，大禹開掘溝洫便被夸大成開掘江河，大禹也就從人變成了神�！�

當下，有些史學論著靠史料的堆砌和繁復的論證來取勝，往往讓行外人難以卒讀，不利于真正的學術普及。侯仰軍所著《歷史真相與文化反思》一書，論證環(huán)環(huán)相扣，史料條分縷析，語言簡潔優(yōu)美，考證令人信服，充分顯示出他深厚的史學功底和摯誠樸真的治學精神。

“求真求實，向善向美”，是侯仰軍多年來的堅守。治學以來，他一直致力于歷史學、文獻學與中國傳統(tǒng)文化的研究、教學、出版工作。不論是做教師、做編輯，還是從事行政，他總能忙里偷閑，進行學術研究，至今已出版學術著作7部，整理、點校、翻譯古代文獻12部。

在治學研究中，侯仰軍運用文獻學與考古學相結合的方法，對夏商起源問題進行了細致而深入的探討，寫成《考古發(fā)現(xiàn)與夏商起源研究》一文。侯仰軍認為：魯西南的文化遺存十分豐富，以北辛文化、大汶口文化、龍山文化、岳石文化為代表的一大批古文化遺址排列有序，在全國具有很大影響；考古發(fā)現(xiàn)表明，4000年前魯西南的地形地貌及自然環(huán)境是崗丘布野，河湖交錯，林木茂密，氣候濕熱，非常適合人類生存；我國歷史傳說中的圣君，即當時的部落聯(lián)盟首領堯、舜，一生雖遷徙不定，但主要活動區(qū)域都與今魯西南地區(qū)密切相關；虞為夏朝建立前的一個朝代，起碼是一個城邦國家，它的國都和疆域就在豫東、魯西南地區(qū)。

通過對考古文獻的梳理，侯仰軍提出以下觀點：夏后氏是顓頊氏族的后裔，興起于豫東、魯西南地區(qū)；大禹在這里治水，并奠定夏朝立國的根基；夏啟利用其父大禹治水的威望，當了天下盟主，建立了夏王朝，都城在雷澤附近的古城陽；夏朝的政治中心一直與豫東、魯西南地區(qū)密切相關。從文獻上看，豫東、魯西南地區(qū)曾經(jīng)是許多著名氏族的發(fā)祥地，除夏后氏之外，還有與夏同姓的有莘氏、有扈氏、昆吾氏、豕韋氏、大彭氏，楚人、秦人的祖先都曾在這里生息繁衍過。商族最早的族居地是今豫東、魯西南地區(qū)，在考古學上表現(xiàn)為早期岳石文化或龍山文化青堌堆類型；后來一度遷到河北省中南部和河南省北部，創(chuàng)造了典型先商文化即漳河型、輝衛(wèi)型；不久又遷回豫東、魯西南地區(qū)，并在商湯率領下，以今天的曹縣一帶為中心，積聚力量，于是菏澤地區(qū)安邱堌堆的岳石文化面貌在與山東內地基本一致的情況下，有些因素顯然接受了冀南、豫北先商文化的影響；商湯滅夏后，商部族鑒于東夷勢力強大，又是自己的盟友，不便向東擴張，而河南中西部原來是夏人的勢力范圍，便在王朝建立初期大肆向西擴張，“南關外期”文化就是其在考古學上的表現(xiàn)。自從大禹治理好了豫東、魯西南地區(qū)的洪水后，這里便成了夏商周三代人口最繁庶，政治、經(jīng)濟、文化最發(fā)達的地區(qū)之一。

近年來，侯仰軍到中國民間文藝家協(xié)會工作后，開始做民間文化遺產(chǎn)的搶救與保護工作。三年的時間，他到過20多個省、市、自治區(qū)，對節(jié)日文化、民族史詩、民歌、古村落保護等進行專題調研，撰寫并發(fā)表了18篇學術論文和調研報告，呼吁全社會重視并保護中國的優(yōu)秀民族民間文化。在學術研究上，他既從考古成果中探究歷史真實，又從民間傳說中探究歷史真相。對麒麟的研究就是一例。麒麟是中國文化中的“瑞獸”，它是幻想中的神性動物，還是一種曾經(jīng)的存在？侯仰軍認為，說麒麟 “只是古代傳說中的一種動物”，“現(xiàn)實中并不存在”，是站不住腳的。因為，在我國最早的成熟文字甲骨文和最早的詩歌總集《詩經(jīng)》中，就有關于麒麟的記載，殷墟發(fā)現(xiàn)的可識別的甲骨卜辭中，多次出現(xiàn)麒麟；《春秋》和《孔子家語》中關于“西狩獲麟”的記載，為我們提供了生動的例證；從古文獻看，麒麟在商代之前的中原時常出現(xiàn)，西漢至北宋時也有麒麟的活動，只不過由于后世氣候變化和人類獵殺，麒麟逐漸消失了。從現(xiàn)實存在的動物到傳說中的動物，再到人們認為它只是傳說中的動物，麒麟的故事反映出歷史與傳說之間的復雜關系。侯仰軍對民間文化的研究虛實結合，可謂條理清晰。